Fundado el 21 de julio de 1902 por Oscar Cox, joven hijo de un ciudadano inglés vicecónsul de Inglaterra en Ecuador, el Fluminense Football Club vestía, en ese momento, los colores gris y blanco. Cox es uno de los principales responsables de la llegada del fútbol a Brasil. En varios viajes a la "Tierra de la Reina", siempre trajo noticias, pelotas, materiales deportivos. También jugó, fue campeón carioca de 1906, cuando Fluminense ya era verde, blanco y graná. Con problemas para adquirir la tela gris para el uniforme original, en 1904 se aprobó el cambio, dando origen al Tricolor.
Pionero, Fluminense construyó el primer estadio de cemento en América Latina, el Estadio Laranjeiras, que fue sede del Campeonato Sudamericano de Selecciones, actualmente Copa América, y los Juegos Olímpicos Latinoamericanos, actualmente los Juegos Panamericanos, y fue el escenario del primer título relevante de la Selección Nacional de Brasil.
Considerado el Premio Nobel del Deporte, Fluminense es el único club de América Latina que celebra la Copa Olímpica en 1949, además de ser el único club de fútbol del mundo en tener su nombre inscrito en el honor otorgado por el Comité Olímpico Internacional por servicios al deporte.
Fue de Preguinho, uno de los ídolos tricolores, el primer gol de la Selección brasileña en Copas del Mundo. Desde Cox, muchas estrellas han usado la camiseta Fluminense. Además de Preguinho, Pinheiro, Hércules, Escurinho, Waldo, Orlando Pingo de Ouro, Welfare, Ademir de Menezes, Rivellino, Altair, Jair Marinho, Gerson, Marcos Carneiro de Mendonça, Félix, Castilho, Carlos Alberto Torres, PC Caju, Pintinho, Branco, Didi, Ézio, Romerito, Assis, Washington, Renato Gaúcho, Tele Santana, Romário, Deco, Conca, entre otros, hicieron la alegría de la multitud tricolor.
Cuatro veces campeón brasileño, campeón de la Copa do Brasil y de la Copa da Primeira Liga, y 31 veces campeón estatal. Subcampeón de la Copa Libertadores y Copas Sudamericanas.
Además de las sedes de Laranjeiras y Maracaná, donde juega sus partidos, Fluminense tiene dos Centros de Entrenamiento. El de Xerém, en Duque de Caxias, se centra en las divisiones básicas, y el de Barra da Tijuca, en el fútbol profesional.