Grunnlagt 21. juli 1902 av Oscar Cox, ung sønn av en engelsk statsborger visekonsul i England i Ecuador, hadde Fluminense Football Club på den tiden fargene grå og hvit. Cox er en av hovedansvarlige for fotballens ankomst til Brasil. I flere turer til "Land of the Queen", alltid brakt nyheter, baller, sportsmateriell. Han spilte også, var Carioca-mester i 1906, da Fluminense allerede var grønn, hvit og grená. Med problemer med å skaffe det grå stoffet til den opprinnelige uniformen, ble endringen i 1904 godkjent, og fødte Tricolor.
En pioner, Fluminense bygde den første sementstadion i Latin-Amerika, Laranjeiras Stadium, som var vertskap for det søramerikanske nasjonale lagmesterskapet, for tiden Copa América, og de latinamerikanske olympiske leker, for tiden Panamerikanske leker, og var åstedet for den første relevante tittelen til det brasilianske landslaget.
Betraktet som Nobelprisen for sport, er Fluminense den eneste klubben i Latin-Amerika som holder den olympiske cupen i 1949, i tillegg til å være den eneste fotballklubben i verden som har navnet sitt innskrevet på æren gitt av Den internasjonale olympiske komité for tjenester til sporten.
Det var fra Preguinho, et av tricolor-idolene, det første målet for det brasilianske landslaget i verdensmesterskap. Siden Cox har mange stjerner brukt Fluminense-skjorten. I tillegg til Preguinho, Pinheiro, Hércules, Escurinho, Waldo, Orlando Pingo de Ouro, Welfare, Ademir de Menezes, Rivellino, Altair, Jair Marinho, Gerson, Marcos Carneiro de Mendonça, Félix, Castilho, Carlos Alberto Torres, PC Caju, Pintinho, Branco, Didi, Ézio, Romerito, Assis, Washington, Renato Gaúcho, Tele Santana, Romário, Deco, Conca, blant andre, gjorde gleden av tricolor publikum.
Fire ganger brasiliansk mester, mester av Copa do Brasil og Copa da Primeira Liga, og 31 ganger statsmester. Andreplass i Copa Libertadores og South American Cups.
I tillegg til hovedkvarteret til Laranjeiras og Maracanã, hvor det spiller sine spill, har Fluminense to treningssentre. Den i Xerém, i Duque de Caxias, er fokusert på de grunnleggende divisjonene, og den i Barra da Tijuca, i profesjonell fotball.