Opgericht op 21 juli 1902 door Oscar Cox, jonge zoon van een Engels staatsburger vice-consul van Engeland in Ecuador, droeg Fluminense Football Club destijds de kleuren grijs en wit. Cox is een van de hoofdverantwoordelijken voor de komst van het voetbal in Brazilië. In verschillende reizen naar het "Land van de Koningin", bracht altijd nieuws, ballen, sportmaterialen. Hij speelde ook, was Carioca kampioen van 1906, toen Fluminense al groen, wit en grená was. Met problemen om de grijze stof voor het originele uniform te verkrijgen, werd in 1904 de wijziging goedgekeurd, waardoor de Tricolor ontstond.
Als pionier bouwde Fluminense het eerste cementstadion in Latijns-Amerika, het Laranjeiras-stadion, dat het Zuid-Amerikaanse nationale teamkampioenschap organiseerde, momenteel Copa América, en de Latijns-Amerikaanse Olympische Spelen, momenteel de Pan-Amerikaanse Spelen, en was het toneel van de eerste relevante titel van het Braziliaanse nationale team.
Fluminense wordt beschouwd als de Nobelprijs voor sport en is de enige club in Latijns-Amerika die de Olympic Cup in 1949 houdt, naast het feit dat het de enige voetbalclub ter wereld is die zijn naam heeft laten schrijven op de eer die door het Internationaal Olympisch Comité wordt toegekend voor diensten aan de sport.
Het was van Preguinho, een van de driekleurige idolen, het eerste doelpunt van de Braziliaanse nationale ploeg op WK's. Sinds Cox dragen veel sterren het Fluminense-shirt. Naast Preguinho maakten onder andere Pinheiro, Hércules, Escurinho, Waldo, Orlando Pingo de Ouro, Welfare, Ademir de Menezes, Rivellino, Altair, Jair Marinho, Gerson, Marcos Carneiro de Mendonça, Félix, Castilho, Carlos Alberto Torres, PC Caju, Pintinho, Branco, Didi, Ézio, Romerito, Assis, Washington, Renato Gaúcho, Tele Santana, Romário, Deco, Conca, de vreugde van het driekleurige publiek.
Viervoudig Braziliaans kampioen, kampioen van de Copa do Brasil en de Copa da Primeira Liga, en 31 keer staatskampioen. Runner-up van de Copa Libertadores en Zuid-Amerikaanse Cups.
Naast het hoofdkantoor van Laranjeiras en Maracanã, waar het zijn wedstrijden speelt, heeft Fluminense twee trainingscentra. Die in Xerém, in Duque de Caxias, is gericht op de basisdivisies, en die in Barra da Tijuca, in het profvoetbal.